（一）办公室。负责机关日常运转和管理工作；承担机关文电、文秘工作；承担会务、督查工作；承担信息、宣传、政务公开工作和新闻发布工作；承担安全和保密工作；开展对外合作交流；承担资产管理、机关财务及内部审计工作。
负责机关纪检工作；承担机关的干部人事、机构编制、教育培训、考核考评和离退休干部工作。
（二）规划财务和法规科（行政审批科）。组织拟订全区医疗保障工作规划；编制医疗保障基金预决算；推进医疗保障公共服务体系建设；负责政策调研、医疗保障数据统计分析工作；推进医疗保障标准化和信息化建设；贯彻落实医疗保障领域地方性法规、规章草案和标准；承担机关规范性文件合法性审查和清理工作；承担行政复议、行政应诉、信访有关工作；负责推进本系统职能转变和放管服改革工作。
（三）待遇保障和异地就医管理科（医药服务管理和招标采购科）。拟订职工医疗保障、生育保险和离休军休干部医疗保障筹资和待遇政策，统筹职工医疗保障待遇标准；统筹推进城镇职工多层次医疗保障体系建设；建立健全职工医疗保险关系转移接续制度；推进长期护理保险制度改革；拟订门诊规定病种和重特大疾病医疗保障政策并组织实施；拟订城乡居民医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡居民医疗保障待遇标准；推进城乡居民基本医疗保险、大病保险和医疗救助工作，统筹推进城乡居民多层次医疗保障体系建设；建立健全城乡居民医疗保险关系转移接续制度；组织推进异地就医管理和结算；拟订全区医疗救助政策并组织实施。
拟订全区药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施；建立医药服务价格成本调查和成本监审制度，加强对医药服务价格的监督检查；建立医药价格信息监测和发布制度；贯彻执行国家、省、市药品和医用耗材的招标采购政策，监督实施全区药品、医用耗材的招标采购；贯彻执行国家、省、市制定的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录；组织拟订、落实治疗性医院中药制剂目录；落实乙类目录药品、支付部分费用的诊疗项目的个人负担比例；落实医疗保险支付标准；拟订全区定点医药机构协议和支付管理办法并组织实施；组织推进医保支付方式改革；组织开展药品、医用耗材、医疗技术的经济性评价。
（四）基金监管科。拟订全区医疗保障基金监督管理办法并组织实施；建立健全医疗保障基金安全防控机制；建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度；监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用；监督管理医保经办业务；依法查处医疗保障领域违法违规行为。
