银河办事处下设19个部门，分别是：党政办公室(基层办、统计中心)、北管区、南管区、中管区、项目建设办公室、综治信访稳定办公室、民事调解办公室、安全生产办公室、合村并城办公室、房屋征收安置办公室、纪检监察审计（三资管理）办公室、基础设施建设办公室、机场二期(南水北调)建设办公室、农业办公室、市政环卫绿化所、计划生育办公室、劳动保障事务所、社会事务办公室、土地规划建设环保办公室。