中牟县水务局内设9个机构：
（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担政务信息、安全保卫、保密、档案、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作; 督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况；承担有关规范性文件合法性审查和清理工作。
（二）人事科。承担机关和局属单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作，指导水利行业人才队伍建设；承担水利体制改革有关工作。
（三）财务科。负责部门预决算的编制和预算执行工作，承担机关并指导局属单位的财务和资产管理工作；承担机关和局属单位内部审计工作；组织提出县级水利财政资金安排建议，并协调项目实施的监督管理和绩效评价；提出有关水利价格、税费、信贷的建议。
（四）水资源管理和水土保持科（中牟县节约用水办公室、行政审批科）。承担最严格水资源管理制度相关工作，负责最严格水资源管理制度考核；组织实施用水总量控制制度，负责地下水资源监管和城市地下水资源有偿使用、南水北调水资源税和水权制度建设工作；指导全县节约用水“三同时”和水量分配并监督实施，组织指导河湖生态流量水量管理、河湖水生态保护与修复、河湖生态水系连通工作；拟订全县和跨乡（镇、街道）水中长期供求规划；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护工作；指导水资源监控能力建设和水资源承载能力监测预警机制建设工作，组织编制并发布水资源公报；拟订节约用水政策和制度，组织指导节约用水工作；指导和推动节水型社会建设，组织编制节约用水规划并协调实施，组织实施用水效率控制、计划用水和定额管理制度落实，承担节约用水考核有关工作；指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作；负责全县水井凿井管理工作；负责全县水政监察、水行政执法和涉水违法事件查处工作；承担水事纠纷协调工作；组织指导普法教育工作；承担机关行政复议、行政应诉工作。组织编制全县水土保持规划和年度计划并监督实施；承担水土流失综合防治工作，组织水土流失监测、预报并公告；负责县级生产建设项目水土保持方案审核并监督实施；负责县级水土保持补偿费征缴管理和使用工作；负责取水许可的审批工作；负责洪水影响评价的审批工作；负责计划用水单位用水指标的核准工作；负责生产建设项目水土保持方案的审批工作；负责其他审批事项的组织协调工作；负责行政审批事项的事前服务、日常巡查和事后监管工作；
（五）水利工程规划建设和农村水利科。指导和组织编制、审查、申报水利综合规划、专业规划、专项规划；按县政府规定权限，指导和组织编制、审查、申报水利基本建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计，负责审查、审批水利基本建设项目初步设计文件；拟订全县水利固定资产投资计划；组织实施水工程建设项目合规性审查工作；指导协调实施水资源、水生态、水环境、水灾害统筹治理；依照上级水利行业技术标准、规程规范监督实施，组织水利科学研究、技术引进和科技推广工作；组织、指导水利系统对外交流合作；指导全县水利工程建设，按规定制定水利工程建设有关地方规范性文件和重大事故应急预案并监督实施；指导水利水利工程建设质量、安全、进度管理和扬尘污染防治工作；负责水利工程质量监督、检查、考核工作；组织实施水利工程建设安全生产监督管理工作；组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，负责河道等重要水利工程的除险加固工作；指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设；组织实施水利工程质量和安全监督；指导水利行业安全生产工作,指导、监督水利行业从业人员的安全生产教育培训考核工作，负责水利行业安全生产统计分析，依法参加有关事故的调查处理，按照职责分工对事故发生单位落实防范和整改措施的情况进监督检查；拟订全县水利法制建设规划并组织实施，起草有关地方规范性文件并监督实施；指导水利行政许可、依法行政工作并监督实施;组织开展大中型灌排工程建设、改造与管理，负责引黄灌溉工程管理，指导农村饮水安全工程建设与管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导农村水利社会化服务体系建设和农村水利技术推广，指导水利扶贫工作；承担水利统计工作。
（六）运行管理和水旱灾害防御科。负责全县水利设施、水域及其岸线的管理、保护与综合利用；负责生态用水的运行调度和管理工作；负责县域内县级以上部门管理的河道及县城区承担着防洪调蓄功能和作为备用水源地的生态水系工程建设管理工作；负责城区以外县级河道、水系工程的建设管理工作；指导河湖及河口、滩地的开发、治理和保护；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导堤防、水闸等水利工程的运行管理与确权划界；组织开展堤防、水闸安全监测、鉴定及注册登记工作；组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准，组织编制重要河流和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施；承担水情旱情预警工作，负责全县蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作，组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理、运用补偿工作；承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作；组织指导全县水利物资储备与管理，指导水旱灾害防御队伍建设与管理。
（七）河长制工作科。指导全县全面推行河长制湖长制工作，拟订有关工作计划、政策、制度等；负责落实河长制工作任务的组织协调、督导、检查、考核等；协调解决河湖管理保护重大问题和重点事项；指导河道采砂计划的编制，监督管理全县河道采砂工作，牵头负责监督指导非季节性河流的采砂管理及防洪安全、河势稳定、堤防安全等相关工作；承担县河长制办公室日常工作。
（八）移民和南水北调管理科。协调落实南水北调配套工程有关重大政策和措施；负责全县水利工程移民资金和南水北调资金管理工作；负责南水北调干线征迁、移民安置和配套工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作；负责我县南水北调配套工程运行管理与后续工程建设的行政监督；拟定南水北调受水区年度水量调度计划并组织实施；负责南水北调配套工程水量调度、运行管理工作，并对南水北调配套工程供用水和设施保护工作进行监督、指导；负责南水北调供水的水量计量和水费征缴工作；负责全县在建和拟建水利工程征地移民安置管理工作；负责移民安置规划实施和评估验收工作；承担新建大中型水库移民后期扶持人口的审核上报工作；负责全县大中型水库移民后期扶持政策落实工作；指导编制全县大中型水库移民后期扶持规划和大中型水库库区、移民安置区基础设施建设、经济发展规划，并组织实施；负责全县大中型水库移民后期扶持政策实施情况监测评估工作；指导和监督全县水利工程征地移民安置、水库移民后期扶持相关资金的使用管理；承担全县大中型水库移民遗留问题和移民村困难处理工作。负责水利工程移民安置稽察、监督评估和移民后期扶持政策实施稽察管理工作。
（九）机关党委。负责机关和所属单位党的建设、群团组织和纪检工作；负责离退休干部工作。
