(一）办公室。负责综合协调机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等工作；承担信息、保密、政务公开、督办查办工作；承担机关人事、财务、资产管理、信访、安全保卫等工作；承担人大建议、政协提案办理工作。

 (二）规划发展处。负责拟订和组织实施全市现代物流业和口岸建设的发展战略、中长期发展规划以及政策措施；研究分析物流业和口岸发展的重大问题并提出对策建议；负责全市物流业信息收集统计分析工作；负责局综合性文件、重要文稿的起草和重点课题研究工作。

(三）物流服务处。负责组织拟订现代物流业支持政策并组织实施；负责培育和规范物流市场发展，促进重点物流企业发展；负责推进供应链体系、城市共同配送和城乡高效配送发展。

(四）口岸服务处。负责跨部门、跨区域的口岸协调工作;负责铁路口岸管理协调工作；协调推进公共口岸服务体系、海关特殊监管区、口岸政策功能区的建设与发展；组织进口商品指定口岸申建工作；负责口岸大通关建设和口岸信息化建设。

(五）多式联运处。负责拟订和组织实施有关国际物流的多式联运政策措施，协调推进进出口业务相关的公路、铁路、航空、海运等多种运输方式衔接；协调推进中欧班列（郑州）和海铁联运班列发展工作。

机关党委。负责机关党群、纪检工作；负责机关精神文明建设和平安建设工作。