根据荥阳市农业农村工作委员会工作职能，下设 13个内设机构：
（一）办公室
（二）计划财务科
（三）政策法规科（行政审批服务科）
（四）综合业务科
（五）扶贫开发科
（六）畜牧兽医科（市政府重大动物疫情应急指挥部办公室）
（七）农业机械管理科
（八）农田建设管理科
（九）农村经济改革科
（十）社会事业科
（十一）农业产业化办公室
（十二）农产品质量安全监管科
（十三）市委农村工作和乡村振兴工作领导小组办公室秘书科
根据荥阳市农业农村工作委员会工作职能，下设 19个事业单位：
（一）荥阳市土壤肥料工作站
（二）荥阳市农业综合行政执法大队
（三）荥阳市植保植检站
（四）荥阳市农村能源环境保护站
（五）荥阳市农业技术推广站
（六）河南省农业广播电视学校荥阳市分校
（七）荥阳市园艺工作站
（八）荥阳市农村合作经济经营管理站
（九）荥阳市农业技术推广崔庙中心站
（十）荥阳市农业技术推广王村中心站
（十一）荥阳市农业技术推广乔楼中心站
（十二）荥阳市农业技术推广高村中心站
（十三）荥阳市农业技术推广广武中心站
（十四）荥阳市农业科学研究所
（十五）荥阳市水产技术推广站
（十六）荥阳市农畜产品安全检测中心
（十七）荥阳市畜牧中心（荥阳市动物疫病预防控制中心）
（十八）荥阳市扶贫开发服务中心
（十九）荥阳市农业机械服务中心
根据荥阳市农业农村工作委员会工作职能，下设 1个企业单位：
国营荥阳市农牧场
