主要职能：
1、办公室：协助局领导组织协调机关日常工作，规范局机关各项规章制度；负责环保目标管理、重要事项督办、会议组织、政务、接待、文秘、保密、档案、保卫等工作。
2、规划财务科：负责全市排污收费计划管理和解缴国库工作；局系统预算外资金管理；各类财务统计报表的编制上报；各类社会保险管理；申请及办理物资、设备、车辆等控购手续；承办国家、省、市补助本市环境保护系统资金项目审核；参与环境保护专项规划、计划的编制工作；全市环境保护专项资金补助等工作。
3、污防科：负责监督实施全市大气、水体、噪声、辐射、放射性废弃物、固体废弃物、有毒化学品的污染防治工作；负责全市环境功能区划编制及重点区域和流域的污染防治规划的拟订，并监督实施重点区域、流域的综合治理工作；监督实施全市饮用水源保护工作，负责全市排污申报登记注册证的核放；城市环境综合整治定量考核等工作。
4、环评科：对新、改、扩建设项目的审批及“三同时”监督管理和环境保护设施竣工验收工作；开展建设项目环境影响评价登记表、报告书（表）的编制工作；全市土地使用的环境影响审批；指导辖区环保审批业务；组织对辖区内建设项目环境违法案件的查处等工作。
5、生态科：负责水利、畜牧、林业、旅游、矿山等生态类新、改、扩建设项目的审批及“三同时”监督管理和环境保护设施竣工验收工作；开展生态类建设项目环境影响评价登记表、报告书（表）的编制工作；生态创建；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治，湿地环境保护、荒漠化防治；对重大生态环境违法案件的调查处理等工作。
6、科技标准科：组织推广企业清洁生产；辐射、放射性废弃物、固体废弃物等危险废物日常监督管理；放射线同位素与射线装置日常监督管理等工作。
7、总量办：核算年度污染物排放总量，完成年度及中长期污染物排放总量控制计划；为新、改、扩建项目储备污染物排放量，核批排污初审意见，搞好排污权交易工作；负责排污许可证审领换发及环境统计、污染源普查等工作。
8、法规科：指导和协调全市环境保护法制建设；负责全市环保违法案件行政复议、应诉工作；参与重大环境违法案件和跨区域污染纠纷的调查处理；规范性文件审查和行政处罚文书审核；参与重大环境违法案件的调查与处理；组织开展环境保护执法检查等工作。
9、信访科：组织人大、政协建议提案的答复工作，组织办理人民群众信访，投诉等工作；
10、宣教科：指导全市环境保护宣传教育工作；组织全市性重大环保宣传活动，环保新闻报道，社会环保教育，普及环保知识（中小学环境教育）；组织开展绿色创建等工作。
11、纪检室：负责全局纪检监察，优化经济发展环境，党风廉政建设，政风行风评议及违法、违纪案件查处等工作。
12、党务办：负责组织机关政治学习；党建、工青妇、计划生育、精神文明建设、组工和老干部等工作。
13、人事科：负责局机关事业单位机构编制、劳动工资等综合人事管理工作；组织局机关事业单位专业技术人员的职称评聘及工勤技能考核等工作。
14、汽车尾气监察大队：负责全市机动车尾气的定期检测，环保标志的核发等工作。
15、行政服务科：负责行政服务大厅窗口业务政策咨询；对新、改、扩建设项目的审批及环境保护设施竣工验收工作；开展建设项目环境影响评价登记表的编制等工作。
16、环境监测站：负责对本市大气、水体、土壤、生物、噪声等各种环境要素的质量状况，进行经常性监测、收集、分析、储存和整理环境监测数据资料；建设项目污染治理设施及工程验收环境监测工作等。
17、环境监察大队：负责污染源档案建立、健全和管理工作；指导和协调各辖区环境监察中队的环境监理；负责辖区内污染源调查及所有排污单位排污申报和审核；排污费的征缴；“12369”环保热线受理；新建项目审批或限期治理项目下达后的监督检查工作；负责辖区内在线监测、污染防治设施、生态环境和农村环境的现场督察等工作。
